哈尼族与彝族、拉祜族等同源于古代羌族。古代的羌族原游牧于青藏高原。公元前384至前362年间，秦朝迅速扩张，居住于青藏高原的古羌人游牧群体受到攻击，流散迁徙，出现若干羌人演变的名号。“和夷”是古羌人南迁部族的一个分支，当他们定居于大渡河畔之后，为适应当地平坝及“百谷自生”的地理环境和条件，开始了农耕生活。

哈尼族在于大渡河畔定居农耕之后，因战争等原因被迫离开农耕定居地而再度迁徙，进入云南亚热带哀牢山中。根据史籍记载，公元前3世纪活动于大渡河以南的“和夷”部落，就是今天哈尼族的先民，从公元4世纪到8世纪的初唐期间，部分哈尼族先民向西迁移到元江以西达澜沧江地区。唐人文献中，哈尼族的先民被称为“和蛮”。

7世纪中叶，“和蛮”的大首领向唐朝进贡方物，唐朝在给云南各族首领的敕书中列入了“和蛮”首领的名字，并承认他们为唐朝的臣属。“南诏”、“大理”地方政权建立后，其东部的“三十七蛮郡”中，“官桂思陀部”、“溪处甸部”、“伴溪落恐部”、“铁容甸部”等，都在今天哈尼族聚居的红河地区。

10世纪（大理国时期），哈尼族向傣族封建领主纳贡，开始进入封建社会。

元朝征服“大理”政权后，设置元江路军民总管府隶属云南行省。

明朝在云南少数民族地区推行土司制度，哈尼族部落首领由明王朝授予了土职官衔，并受所隶流官的统治。

清朝在云南实行改土归流，废除哈尼族地区的一些土官，流官制度代替了部分地方的土司制度，但思陀、溪处、落恐、左能、瓦渣、纳埂、犒牾卡等地土官仍被保留下来，土司仍然是这些地区的统治者。

1853年（清咸丰三年），哈尼族贫苦农民田四浪（又名田政、田以政，墨江县人）在太平天国运动的影响下，聚集三千多哈尼族、彝族、布朗族贫苦农民在团田乡绿叶凹壁村举行起义，迅速占领了哀牢山中段地区。

1856年，田四浪领导的起义军和彝族李文学领导的起义军共同联合作战，起义军在经济上实行“庶民原耕庄主之地，悉归庶民所有，不纳租，课税二成，荒不纳”的土地纲领，得到各族贫苦农民的拥护。

1895年，法国强迫清政府割让哀牢山南部的“十五猛”中的猛蚌、猛赖、猛梭、猛乌、乌得等5个“猛”地区。

1900年，蒙自的汉、哈尼、彝等各族奋起反抗，焚烧了侵略者在蒙自开设的洋关。法国以此为借口，出兵侵占十五猛中的猛丁（今金平县龙膊地区），哈尼族和各族人民击退了侵略军。

1917年，元阳县猛弄和金平县猛丁地区近两百个村寨爆发哈尼、苗、彝、傣等族联合大起义，起义军领袖是元阳哈尼族贫农妇女卢梅贝。

1925年和1935年，法国两次出兵侵扰红河、绿春、金平、江城等地，受到哈尼族和各族人民的英勇反击。

中华民国建立后，国民政府在红河南岸哀牢山区逐步改土归流，推行区、乡、镇制度。但土司区仍为“流官不入之地”，土司制度仍然完好无损。

1949年新中国成立后，土司封建领主制度被废止。

1951年4月，中央民族访问团到红河地区访问，带来了党中央对各族人民的热情关怀，使哈尼族人民受到极大的鼓舞。

1951年，中央民族访问团帮助成立蒙自专区民族民主联合政府和元阳县民族民主联合政府。

1952年初，盘踞在哈尼族地区的土匪、特务已基本肃清，社会秩序安定，开始进行民主改革，发展生产创造。

1952年，中央人民政府政务院颁布了“民族区域自治实施纲要”，同年，哈尼族地区成立了“红河哈尼族自治县人民政府”，及区、乡级的“元阳县太和哈尼族彝族傣族联合自治区人民政府”、“元阳县麻栗寨哈尼族自治乡人民政府”。

1953年，西双版纳“格朗和哈尼族自治区”建立。

1954年元旦，成立红河哈尼族自治区。

1957年，红河哈尼族自治区与蒙自专区合并建立红河哈尼族彝族自治州。

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